Fyrsti skólinn
Menntaskólinn við Hamrahlíð var fyrsti skólinn til að taka upp áfangakerfi, námskipulag sem skólinn hefur starfað eftir frá 1972. Í áfangakerfi er nemendum er ekki skipað í bekki heldur sitja þeir í nokkrum ólíkum áföngum á hverri önn.
Áfangi kallast skilgreint námsefni í tiltekinni grein í eina önn. Við lok annar eru þreytt próf í námsefninu eða einkunn byggð á símati yfir önnina. Nemandi, sem staðist hefur áfangann með tilskildum árangri, hlýtur ákveðinn einingafjölda fyrir. Þannig safnar nemendandinn einingum með hverjum loknum áfanga þar til hann hefur lokið stúdentsprófi.
Valfrelsi
Valfrelsi er talið einn helsti kostur áfangakerfisins. Nemendur geta að nokkru leyti ráðið því hvaða greinar þeir leggja stund á hverja önn og hagað námshraða sínum að eigin vali innan vissra marka. Tengill á nánari upplýsingar um námstíma og -hraða.
En valfrelsið hefur líka í för með sér mikilvægt frávik frá bekkjakerfi: Í stað þess að nemendum sé skipað í ákveðinn námshóp (bekk) að hausti og nemendur bekkjarins fylgist að til vors í öllum námsgreinum geta nemendur áfangakerfis verið með nýjum félögum í hverjum nýjum áfanga þar sem stundatafla hvers og eins ræðst af því hvaða áfanga hann/hún/hán hefur valið. Tengill á nánari upplýsingar um val.
Sveigjanleiki
Áfangakerfið í MH býður upp á sveigjanlegan námstíma eftir dugnaði og áhuga nemandans. Sérstakar hraðferðir í byrjunaráföngum í ensku, íslensku og stærðfræði, ætlaðar þeim sem eru með 9 eða hærra í grunnskólaeinkunn í þessum greinum, geta flýtt fyrir nemendum. Stundum er boðið upp á hraðferðir í framhaldsáföngum. Þessar hraðferðir auðvelda nemandanum að ljúka stúdentsprófinu á styttri tíma en ella.
Skólaárið
Skólaárið skiptist í tvær annir, haustönn og vorönn. Brautskráningar eru tvisvar á ári, í desember við lok haustannar og í maí í lok vorannar. Tengill á nánari lýsingu á skipulagi skólastarfs.